Η δεύτερη περίοδος της Τουρκοκρατίας αρχίζει με την επαναφορά της Κρήτης στους Τούρκους, ενώ στα μέσα του 19ου αιώνα τα Χανιά καθιερώνονται ως πρωτεύουσα του Νησιού, λόγω των συχνών επαναστάσεων στο χώρο της Δυτικής Κρήτης. Γεγονός που επηρεάζει σοβαρά την εξέλιξη της πόλης, κυρίως με την επικράτηση μιας πιο ανεκτικής πολιτικής, παράλληλα με την οικονομική άνθηση. Κτίζονται νέες δημόσιες και ιδιωτικές οικοδομές που ακολουθούν τα σύγχρονα ρεύματα του Νεοκλασικισμού, η πόλη επεκτείνεται και αποκτά σιγά σιγά ευρωπαϊκό χαρακτήρα, ξεφεύγοντας από τα όρια των οχυρώσεων. Χτίζονται νέοι ναοί και Κοινοτικά Καταστήματα, σχολεία, ο καθεδρικός ναός της Τριμάρτυρης κ.α.

Το 1841 ξεσπά το Κίνημα του Χαιρέτη και το 1859 το Κίνημα του Μαυρογένη, με το οποίο οι Κρήτες πετυχαίνουν να κατέχουν ελεύθερα όπλα, να ασκούν τη λατρεία και να γίνεται σεβαστή η θρησκεία τους, καθώς και τη σύσταση Χριστιανικών Δημογεροντιών που είχαν αρμοδιότητα σε θέματα παιδείας, κοινωνικής πρόνοιας, κληρονομικού και οικογενειακού δικαίου. Ακολουθεί η τριετής επανάσταση 1866 - 1869 καθώς και η επανάσταση του 1877 - 1878 που φέρνει και την περίφημη Σύμβαση της Χαλέπας. Σύμφωνα με τη Σύμβαση, η Κρήτη αποχωριζόταν από την λοιπή Οθωμανική Αυτοκρατορία, συνέχιζε να διοικείται από τη Γενική Διοίκηση Κρήτης και παραχωρούνταν ορισμένα προνόμια, μεταξύ των οποίων και η σύσταση Φιλεκπαιδευτικών Συλλόγων και η έκδοση εφημερίδων. Μέχρι τότε - και με εξαίρεση ελάχιστα παράνομα μονόφυλλα - εκδιδόταν από το 1867, μόνο η ημιεπίσημη εφημερίδα της Τουρκικής Διοικήσεως "Κρήτη".

Κάνοντας χρήση των διατάξεων της Συμβάσεως της Χαλέπας, οι Χανιώτες συγκροτούν το 1879 τον Φιλεκπαιδευτικό Σύλλογο "Μίνως" και τον Γεωργικό Σύλλογο "Δήμητρα" (με παραπλήσιους σκοπούς. Το 1880 δημιουργείται ο θεατρικός θίασος "Ευτέρπη", με στελέχη του επίλεκτα μέλη της Χανιώτικης κοινωνίας, μεταξύ αυτών και ο Ελευθέριος Βενιζέλος, που δίνουν παραστάσεις θεατρικών έργων ή ενισχύουν θεατρικά σχήματα που επισκέπτοναι τα Χανιά. Παράλληλα από το 1880 και εξής αρχίζουν να εκδίδονται στα Χανιά πλείστες εφημερίδες: "Λευκά ΄Ορη", "Αλήθεια", "Πατρίς", "΄Αμυνα", η σατιρική "Κίσσα", καθώς και αρκετές τουρκικές. Το 1884 συγκροτείται ο Δικηγορικός Σύλλογος Χανίων.

Αλλά το 1889 η Τουρκία περιορίζει σημαντικά τα προνόμια των Κρητών και επακολουθεί η επανάσταση του 1889 που καταπνίγηκε μετά από ένα οκτάμηνο. Το 1895 συγκροτείται η Μεταπολιτευτική Επιτροπή αλλά στις 11 Μαϊου 1896 ο πληθυσμός των Χανίων υφίσταται μεγάλη σφαγή, όπως άλλωστε τον επόμενο χρόνο 1897, οπότε και πυρπολούνται και τα Κοινοτικά Καταστήματα απέναντι από τον καθεδρικό ναό, που περιλάμβαναν το επισκοπικό μέγαρο και το παρθεναγωγείο.

Οι Μεγάλες Δυνάμεις, που πάντοτε ενδιαφερόταν για την Κρήτη λόγω της στρατηγικής της σημασίας, αποφασίζουν την διεθνή κατοχή του νησιού, ενώ η Ελλάδα στέλνει εκστρατευτικό σώμα 1500 ανδρών υπό τον συνταγματάρχη Τιμολέοντα Βάσσο.