Μετά την επανάσταση του 1866 ο Σουλτάνος παραχώρησε μερικά προνόμια στους χριστιανούς της Κρήτης με τον "Οργανικό Νόμο", στα οποία προβλεπόταν και ο θεσμός των δημάρχων, άγνωστος μέχρι τότε στην Οθωμανική Αυτοκρατορία.

Οι δήμαρχοι όπως και οι δημοτικοί σύμβουλοι ήταν διορισμένοι μουσουλμάνοι. Το 1879 ψηφίστηκε ο σχετικός νόμος που προέβλεπε καθολική ψηφοφορία και ισότιμη αναλογική συμμετοχή και για τα δυο στοιχεία, χριστιανικό και μουσουλμανικό.

Το πρώτο Δημαρχείο λειτουργούσε στην πλατεία Σπλάντζιας και ήταν εγκαταστημένο σε τμήμα του βενετσιάνικου Μοναστηριού του Αγίου Νικολάου. Το 1894, επί δημαρχίας του Τούρκου Αλή Βέη Καλλιοντζηζαδέ μεταφέρεται το Δημαρχείο σε ένα άλλο βενετσιάνικο κτήριο στην πλατεία Συντριβανίου, στη συμβολή των σημερινών οδών Χάληδων και Ζαμπελίου, το οποίο λειτουργούσε ως νοσοκομείο. Επειδή το κτήριο αυτό που είχε δωρίσει ο Αιγύπτιος ανεψιός του Μεχμέτ Αλή, ήταν ακατάλληλο να λειτουργεί σα νοσοκομείο της πόλης, λόγω της υγρασίας του λιμανιού, μεταφέρθηκε στην ανατολική πλευρά της πόλης, και στο κτήριο εγκαταστάθηκε το Δημαρχείο.

Δήμαρχοι την τελευταία τριετία του 19ου αι. (1897-1900) ήταν οι: Χουσεϊν Βέης Γιαννιτσαράκης, Ιωάννης Ξηράς και Αριστείδης Κριάρης.

Το 1900, με διάταγμα του Ηγεμόνα διορίστηκε Δήμαρχος για μια διετία ο Τούρκος Μεχμέτ Χαμίτ Μπεηζαδέ, μέχρι τα τέλη του 1901, οπότε τον αντικατέστησε ο Χαράλαμπος Πλουμιδάκης.

Το Δεκέμβριο του 1901 διορίστηκε Δήμαρχος ο Κωνσταντίνος Μάνος, ο οποίος το 1903 διορίστηκε Δήμαρχος και παρέμεινε μέχρι το 1905. Από το 1905 μέχρι το 1906 έχουμε τους: Μ. Χαμίτ Μπεηζαδέ και Χουσεϊν Ε. Μπαλζάκη.

Τον Ιανουάριο του 1906 γίνονται οι πρώτες Δημαρχιακές εκλογές στις οποίες αναδείχτηκε Δήμαρχος για μια τετραετία ο Εμμανουήλ Σειραδάκης που υποστηρίχτηκε και από τους Τούρκους.

Τον Ιούνιο του 1911, εκλέγεται Δήμαρχος ο Εμμανουήλ Μουντάκης και θα εκλέγεται συνέχεια μέχρι το 1929.

Στις 12 Μαϊου του 1928 καταστράφηκε από πυρκαγιά το Δημαρχείο στο Συντριβάνι, οι υπηρεσίες του οποίου εγκαταστάθηκαν στο Μεγάλο Αρσενάλι.

Ο Ιωάννης Μουντάκης εκλέχτηκε Δήμαρχος από το 1929 - 1937.

Το Δημαρχείο θα λειτουργεί στο Μεγάλο Αρσενάλι μέχρι το Μάιο του 1941. Κατά τη διάρκεια των γερμανικών βομβαρδισμών της πόλης των Χανίων, δυο βόμβες θα πλήξουν το κτήριο καταστρέφοντας μεγάλο μέρος του.

Το Δημαρχείο μεταπολεμικά στεγαζόταν σε κτήριο επί της σημερινής οδού Χ. Μιχάλη Γιάνναρη.

Το 1950 στις προεκλογικές εξαγγελίες του ο Νικόλαος Σκουλάς δεσμεύτηκε ότι θα κατασκεύαζε ένα καινούριο Δημαρχείο εάν εκλεγόταν Δήμαρχος. Μετά την επιτυχία του στις εκλογές του 1951, υλοποίησε τις υποσχέσεις, κατεδαφίζοντας τα παραπήγματα που υπήρχαν γύρω από την πλατεία 1878. Στην ίδια θέση κατασκεύασε καταστήματα για τους δικαιούχους, ενώ στον όροφο στεγάστηκαν τα γραφεία του Δήμου. Η μελέτη και επίβλεψη των εργασιών έγινε από το μηχανικό Σάββα Κουντούρη. Τα εγκαίνια του Δημαρχιακού Μεγάρου έγιναν στις 2/6/1963.